Le budget de la communauté de communes du Pays de Villersexel s'articule autour de 2 sections : le fonctionnement et l'investissement. Celles-ci sont interdépendantes ; le fonctionnement permettant de dégager des ressources supplémentaires pour financer de l'investissement.
La Communauté de Communes du Pays de Villersexel a choisi de disposer du système de taxe professionnelle unique c'est-à-dire qu'elle perçoit directement la taxe professionnelle. Elle en reverse une partie aux communes (222.348 € soit 7% des dépenses). Un effectif de 27 agents travaille dans l'application des multiples compétences.
La communauté de communes dispose également de zone d'activités dont les mouvements financiers sont retracés dans des budgets annexes déficitaires. Le budget général comble donc les déficits temporaires (charges exceptionnelles : 478.938 € soit 15% des dépenses).
Les principales recettes proviennent des impôts et taxes ainsi que des dotations de l'Etat. Sur les 869.054 € d'impôts, la communauté de communes perçoit 120.359 € des impôts locaux, 636.541 € de la taxe professionnelle, 92.154 € des communes et 20.000 € (prévision) de la taxe de séjour.
La principale dotation de l'Etat est la Dotation Globale de Fonctionnement (DGF).
Les dépenses d'investissement concernent l'ensemble des achats qui vont augmenter le patrimoine de la collectivité.
C'est le cas pour les travaux dont les prévisions 2010 faisaient ressortir le programme de réhabilitation de 24 décharges communales dorénavant à la charge de la Communauté de Communes du Pays de Villersexel.
Les dépenses d'investissement servent aussi à l'entretien des
Enfin, c'est dans cette section qui sont payées le renouvellement du matériel tant roulant (les véhicules) qu'informatique ou mobilier.
Les recettes d'investissement retracent en majorité les subventions versées par les financeurs. C'est aussi dans ce chapitre que l'on retrouve l'excédent versé par la section de fonctionnement permettant ainsi de dégager de l'autofinancement.